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本酶催化的反应为N6-Methyladenine In MRNA + 2-Oxoglutarate + O2 = Adenine In MRNA + Formaldehyde + Succinate + CO2,系统名称为MRNA-N6-Methyladenosine,2-Oxoglutarate:oxygen Oxidoreductase (Formaldehyde-Forming),含铁(II)。催化mRNA N6-甲基腺嘌呤的氧化去甲基化。来自人类的FTO酶还能以较低活性去除单链DNA上的N3-甲基胸腺嘧啶和单链RNA上的N3-甲基尿苷 [1,2,3]。