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本酶催化的反应为S-Adenosyl-L-Methionine + 2-Methoxy-6-(All-Trans-Polyprenyl)benzene-1,4-Diol = S-Adenosyl-L-Homocysteine + 5-Methoxy-2-Methyl-3-(All-Trans-Polyprenyl)benzene-1,4-Diol，系统名称为S-Adenosyl-L-Methionine:2-Methoxy-6-(All-Trans-Polyprenyl)benzene-1,4-Diol 5-C-Methyltransferase，该酶参与泛醌的生物合成。来自不同生物的泛醌具有不同数目的异戊烯单位（例如酵母菌 Saccharomyces 中的泛醌-6、大鼠中的泛醌-9和人中的泛醌-10），因此来自不同生物的酶的天然底物具有不同数目的异戊烯单位。不过，该酶对异戊烯单位数目通常显示出较低程度的特异性。例如，当将酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae 的 COQ5 基因导入大肠杆菌 Escherichia coli 时，它能互补 ubiE 突变体的呼吸缺陷 [3]。来自大肠杆菌的双功能酶还催化去甲基甲基萘醌醇-8 的甲基化（该活性归类为 EC 2.1.1.163）[1]。
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