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本酶催化的反应为S-Adenosyl-L-Methionine + Adenine In U6 SnRNA = S-Adenosyl-L-Homocysteine + N6-Methyladenine In U6 SnRNA，系统名称为S-Adenosyl-L-Methionine:adenine In U6 SnRNA Methyltransferase，该酶存在于脊椎动物中，使 snRNA 发夹结构中的一个特定腺嘌呤甲基化。甲基转移酶与其底物结合的效应对于调节 EC 2.5.1.6（甲硫氨酸腺苷转移酶）一种产生 S-腺苷-L-甲硫氨酸的同工型的活性非常重要 [1,2]。该酶还结合（可能也甲基化）长链非编码 RNA XIST 和 MALAT1，以及若干前体 mRNA 上的特定位点（通常位于内含子区域）[2]。
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