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本酶催化的反应为S-Adenosyl-L-Methionine + A [Histone H3]-N6,N6-Dimethyl-L-Lysine9 = S-Adenosyl-L-Homocysteine + A [Histone H3]-N6,N6,N6-Trimethyl-L-Lysine9,系统名称为S-Adenosyl-L-Methionine:[histone H3]-N6,N6-Dimethyl-L-Lysine9 N6-Methyltransferase,该酶仅甲基化组蛋白 H3 的二甲基化赖氨酸 9 位(H3K9),生成三甲基化形式。该修饰影响染色质相关蛋白的结合。一般而言,H3K9 的甲基化会导致受影响靶基因的转录抑制。该酶在亨廷顿病患者中高度上调。参见 EC 2.1.1.367([组蛋白 H3]-赖氨酸9 N-甲基转移酶)、EC 2.1.1.368([组蛋白 H3]-赖氨酸9 N-二甲基转移酶)和 EC 2.1.1.355([组蛋白 H3]-赖氨酸9 N-三甲基转移酶)。