本酶催化的反应为Malonyl-CoA + An Anthocyanidin 3-O-beta-D-Glucoside = CoA + An Anthocyanidin 3-O-(6-O-Malonyl-beta-D-Glucoside)，系统名称为Malonyl-CoA:anthocyanidin-3-O-beta-D-Glucoside 6''-O-Malonyltransferase，作用于大丽花（Dahlia variabilis）中的天竺葵素3-O-葡萄糖苷、飞燕草素3-O-葡萄糖苷，以及转基因矮牵牛（Petunia hybrida）中的花青素3-O-葡萄糖苷。
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