本酶催化的反应为(1) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Alanyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Alanyl-[Protein] + CoA;;(2) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Seryl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Seryl-[Protein] + CoA;;(3) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Valyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Valyl-[Protein] + CoA;;(4) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Threonyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Threonyl-[Protein] + CoA;;(5) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Lysyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Lysyl-[Protein] + CoA;;(6) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Leucyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Leucyl-[Protein] + CoA;;(7) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Phenylalanyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Phenylalanyl-[Protein] + CoA;;(8) Acetyl-CoA + An N-Terminal-L-Methionyl-L-Tyrosyl-[Protein] = An N-Terminal-Nalpha-Acetyl-L-Methionyl-L-Tyrosyl-[Protein] + CoA;;系统名称为Acetyl-CoA:N-Terminal-Met-Ala/Ser/Val/Thr/Lys/Leu/Phe/Tyr-[Protein] Met-Nalpha-Acetyltransferase，N端乙酰转移酶（NAT）催化将来自乙酰-CoA的乙酰基共价连接到蛋白N末端的游离α-氨基上。这种不可逆修饰中和了N末端的正电荷，使N末端残基变大且更具疏水性，并防止其被水解去除，还可能在膜定位和基因沉默中发挥作用。NatE存在于所有真核生物中，在染色体的解析和分离中起重要作用。它专一靶向后接Lys、Val、Ala、Tyr、Phe、Leu、Ser和Thr的N末端L-甲硫氨酸残基。其底物与 EC 2.3.1.256，N端甲硫氨酸Nα-乙酰转移酶NatC有一定重叠。此外，Met后接小残基（如Ser、Thr、Ala或Val）的乙酰化提示NatE与 EC 3.4.11.18，甲硫氨酰氨基肽酶之间存在动力学竞争。该酶还具有 EC 2.3.1.48，组蛋白乙酰转移酶的活性，并使其自身的几个赖氨酸残基自乙酰化。
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