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本酶催化的反应为(1) 8 (S)-Methylmalonyl-CoA + Palmitoyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase] + 16 NADPH + 16 H+ = 8 CoA + C40-Phthioceranyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase] + 16 NADP+ + 8 CO2 + 8 H2O;;(2) 7 (S)-Methylmalonyl-CoA + Palmitoyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase] + 14 NADPH + 14 H+ = 7 CO2 + C37-Phthioceranyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase] + 14 NADP+ + 7 CoA + 7 H2O，系统名称为(S)-Methylmalonyl-CoA:palmitoyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase] Methylmalonyltransferase (Phthioceranyl-[(Hydroxy)phthioceranic Acid Synthase]-Forming)，这种分枝杆菌聚酮酶产生称为结核蜡酸（phthioceranic acid）的庚甲基化和辛甲基化脂肪酸，以及可能是其羟基化版本。庚甲基化和辛甲基化产物的形成分别取决于该酶掺入七个还是八个甲基丙二酰-CoA 延伸单元。羟基化产物的形成可能是由于该酶在第一次缩合循环中跳过了脱水酶（DH）和烯酰还原酶（ER）结构域 [2]。
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