本酶催化的反应为Palmitoyl-CoA + A Sphingoid Base = An N-(Palmitoyl)-Sphingoid Base + CoA，系统名称为Palmitoyl-CoA:sphingoid Base N-Palmitoyltransferase，哺乳动物有六种神经酰胺合酶，对其酰基-CoA 底物的链长表现出相对严格的特异性。神经酰胺合酶 5（CERS5）对作为酰基供体的棕榈酰-CoA 具有特异性。它可以使用多种鞘氨醇碱基，包括鞘氨醇（sphinganine）、鞘氨醇（sphingosine）和植物鞘氨醇。
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