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本酶催化的反应为Acetyl-CoA + N Malonyl-CoA + 2N NADPH + 4N H+ = Long-Chain-Acyl-CoA + N CoA + N CO2 + 2N NADP+，系统名称为Acyl-CoA:malonyl-CoA C-Acyltransferase (Decarboxylating, Oxoacyl- And Enoyl-Reducing)，来自酵母（子囊菌门和担子菌门）的酶是由两个亚基组成的多功能蛋白复合物。一个亚基催化EC 1.1.1.100（3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原酶）和EC 2.3.1.41（β-酮酰基-[酰基载体蛋白]合酶I）的反应，而另一个亚基催化EC 2.3.1.38（[酰基载体蛋白] S-乙酰转移酶）、EC 2.3.1.39（[酰基载体蛋白] S-丙二酰转移酶）、EC 4.2.1.59（3-羟基酰基-[酰基载体蛋白]脱水酶）、EC 1.3.1.10（烯酰-[酰基载体蛋白]还原酶（NADPH，Si-特异））和EC 1.1.1.279（(R)-3-羟基酸酯脱氢酶）的反应。该酶系统与动物系统（EC 2.3.1.85，脂肪酸合酶系统）的不同之处在于，烯酰还原酶结构域需要FMN作为辅因子，并且最终产物是酰基-CoA（通常是棕榈酰-CoA）而非游离脂肪酸。
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