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本酶催化的反应为Farnesyl Diphosphate + Protein-Cysteine = S-Farnesyl Protein + Diphosphate，系统名称为Farnesyl-Diphosphate:protein-Cysteine Farnesyltransferase，该酶与蛋白香叶基香叶基转移酶 I 型（EC 2.5.1.59）和 II 型（EC 2.5.1.60）一起构成蛋白异戊二烯转移酶家族。催化异戊二烯基 C-1 与蛋白 C 端数第四个半胱氨酸残基之间形成硫醚键。这些蛋白受体具有 C 端序列 CA1A2X，其中末端残基 X 优选为丝氨酸、甲硫氨酸、丙氨酸或谷氨酰胺；亮氨酸使蛋白成为 EC 2.5.1.59 的底物。酶对 A1 的特异性宽松，但如果 A2 是芳香族则不能作用。异戊二烯转移酶的底物包括 Ras、Rho、Rab、其他 Ras 相关小 GTP 结合蛋白、异三聚体 G 蛋白 γ 亚基、核纤层蛋白、着丝粒蛋白以及许多参与视觉信号转导的蛋白。一种锌金属酶，需要 Mg2+ 才能发挥活性。
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