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本酶催化的反应为(1) 3'-Phospho-5'-Adenylyl Sulfate + [Dermatan]-4-O-Sulfo-N-Acetyl-D-Galactosamine = Adenosine 3',5'-Bisphosphate + [Dermatan]-4,6-Di-O-Sulfo-N-Acetyl-D-Galactosamine;;(2) 3'-Phospho-5'-Adenylyl Sulfate + [Chondroitin]-4-O-Sulfo-N-Acetyl-D-Galactosamine = Adenosine 3',5'-Bisphosphate + [Chondroitin]-4,6-Di-O-Sulfo-N-Acetyl-D-Galactosamine，系统名称为3'-Phosphoadenylyl-Sulfate:[dermatan]-4-O-Sulfo-N-Acetyl-D-Galactosamine 6-O-Sulfonotransferase，该酶被二价阳离子和还原型谷胱甘肽激活。来自人的酶将硫酸基转移到硫酸软骨素和硫酸皮肤素的内部残基和非还原末端 GalNAc 4-硫酸残基的 6 位。来源于硫酸软骨素的寡糖也可作为受体，但硫酸软骨素 E、硫酸角质素和硫酸乙酰肝素不能。与 EC 2.8.2.17 软骨素 6-磺基转移酶不同之处在于，它能将软骨素和硫酸皮肤素都用作有效底物。
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