本酶催化的反应为Endonucleolytic Cleavage Of DNA To Give Specific Double-Stranded Fragments With Terminal 5'-Phosphates，这是一个大酶组，与现在列为 EC 3.1.21.3（I 型位点特异性脱氧核糖核酸酶）和 EC 3.1.21.4（II 型位点特异性脱氧核糖核酸酶）的那些酶一起，先前在亚亚类 EC 3.1.23 和 EC 3.1.24 中单独列出。它们绝对需要 ATP 但不水解 ATP；S-腺苷-L-甲硫氨酸刺激反应，但并非绝对需要。它们识别特异性的短 DNA 序列，并在距识别序列不远处切割。这些酶以与列于 EC 2.1.1.72 [位点特异性 DNA-甲基转移酶（腺嘌呤特异性）] 或 EC 2.1.1.37 [DNA (胞嘧啶-5-)-甲基转移酶] 下特异性相似的酶形成复合物。
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