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本酶催化的反应为Endonucleolytic Cleavage Of Single-Stranded RNA In A- And U-Rich Regions，RNase E 是一种细菌核糖核酸酶，参与核糖体 RNA 的加工（9S 到 5S rRNA）、大量细胞 RNA 的化学降解、特定调节性 RNA、信使 RNA 和结构 RNA 的衰变以及质粒 DNA 复制的控制 [1]。该酶结合底物的 5'-单磷酸化末端，但以 3' 到 5' 的方向进行顺序切割 [1]。RNase E 结合位点的 2'-O-甲基核苷酸取代不阻止结合，但确实可阻止对该位点 5' 侧非修饰靶序列的切割 [1]。在大肠杆菌 Escherichia coli 中，该酶存在于 RNA 降解体中。该蛋白的 C 端一半含有另外三种主要降解体组分——DEAD-box RNA 解旋酶 Rh1B、烯醇化酶（EC 4.1.1.11）和多核苷酸磷酸化酶（EC 2.7.7.8）的结合位点。
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