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本酶催化的反应为Endohydrolysis Of RNA In RNA/DNA Hybrids. Three Different Cleavage Modes:
1. Sequence-Specific Internal Cleavage Of RNA [1-4]. Human Immunodeficiency Virus Type 1 And Moloney Murine Leukemia Virus Enzymes Prefer To Cleave The RNA Strand One Nucleotide Away From The RNA-DNA Junction [5].
2. RNA 5'-End Directed Cleavage 13-19 Nucleotides From The RNA End [6,7].
3. DNA 3'-End Directed Cleavage 15-20 Nucleotides Away From The Primer Terminus [8-10].逆转录病毒的逆转录酶是负责病毒复制的多功能酶。为完成这一任务，该酶组合了两种不同的活性。聚合酶结构域（EC 2.7.7.49，RNA 指导的 DNA 聚合酶）占据逆转录酶 N 端的三分之二，而核糖核酸酶 H 结构域则构成 C 端剩余的三分之一 [13,14]。莫洛尼小鼠白血病病毒和人类免疫缺陷病毒的 RNase H 结构域显示有两个金属结合位点 [15-17]。
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