本酶催化的反应为Endohydrolysis Of (1->3)-alpha-L-Galactosidic Linkages In Agarose, Yielding Agarotetraose As The Major Product，系统名称为Agarose 3-Glycanohydrolase，需要Ca2+。来自 Thalassomonas sp.（一种海洋细菌）的该酶可利用琼脂糖、琼脂六糖和新琼脂六糖作为底物。琼脂六糖水解的产物是二聚体和四聚体，其中琼脂四糖为主要产物，而新琼脂六糖的水解则产生两种三聚体。虽然该酶也能高效水解高度硫酸化的琼脂糖紫菜聚糖，但不能水解相关化合物κ-卡拉胶（见EC 3.2.1.83）和ι-卡拉胶（见EC 3.2.1.157）[2]。另见EC 3.2.1.81，β-琼脂酶。
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