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本酶催化的反应为Hydrolysis Of The (1->3)-alpha-L-Galactosidic Linkages Of Neoagaro-Oligosaccharides That Are Smaller Than A Hexamer, Yielding 3,6-Anhydro-L-Galactose And D-Galactose，系统名称为alpha-Neoagaro-Oligosaccharide 3-Glycohydrolase，当以新琼脂六糖为底物时，寡糖在非还原端被切割产生3,6-脱水-L-半乳糖和琼脂五糖，后者进一步水解为琼脂二糖和琼脂三糖。以新琼脂四糖为底物时，产物主要为琼脂三糖和3,6-脱水-L-半乳糖。在弧菌 Vibrio sp. 中，EC 3.2.1.81（β-琼脂酶）和EC 3.2.1.159的共同作用可将琼脂糖降解为3,6-脱水-L-半乳糖和D-半乳糖。
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