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本酶催化的反应为A [Protein]-N-Acetyl-alpha-D-Galactosalaminyl-(L-Serine/L-Threonine) + H2O = A [Protein]-(L-Serine/L-Threonine) + N-Acetyl-D-Galactosamine，系统名称为[Protein]-N-Acetyl-alpha-D-Galactosalaminyl-(L-Serine/L-Threonine) N-Acetylgalactosaminohydrolase，该酶属于糖基水解酶 31（GH31）家族，是一种外切型 α-N-乙酰半乳糖胺酶，当 O-聚糖核心最内侧的 α-GalNAc 残基没有连接其他糖时作用于它。与 EC 3.2.1.49（α-N-乙酰半乳糖胺酶）不同，它不能作用于 A 血型抗原。
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