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本酶催化的反应为Endohydrolysis Of alpha-(1->3)-Linkages Between 3,6-Anhydro-alpha-L-Galactopyranose And beta-D-Galactopyranose-6-Sulfate Units In Funoran，系统名称为Funoran Endo alpha-(1,3)-Glycanohydrolase，该酶是一种内切水解酶，水解海萝属（Gloiopeltis）红藻产生的多糖 funoran 中的 alpha-(1->3) 键。切割点与 funoran 内切-beta-水解酶（EC 3.2.1.222）不同。来自海洋细菌 Aquimarina sp. AD1 的酶还切割琼脂糖中 3,6-脱水-alpha-L-半乳糖吡喃糖与 beta-D-半乳糖吡喃糖之间的 alpha-(1->3) 糖苷键（参见 EC 3.2.1.158，alpha-琼脂糖酶）。产物的异头构型（构型保持或反转）尚未确定。
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