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本酶催化的反应为Hydrolysis Of (1->4)-beta-D-Galactosidic Linkages In Agarose, Giving The Tetramer As The Predominant Product，系统名称为Agarose 4-Glycanohydrolase，也作用于紫菜聚糖（porphyran），但较慢 [1]。该酶以保留异头键构型的方式随机切割琼脂糖的 β-(1→4) 键，产生 β-异头物，发生变旋时逐渐产生 α-异头物 [6]。来自海洋细菌 Zobellia galactanivorans 的 AgaA 的水解终产物是新琼脂四糖和新琼脂六糖，而 AgaB 的终产物是新琼脂四糖和新琼脂二糖 [6]。
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