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本酶催化的反应为(1) (S)-Malyl-CoA = Acetyl-CoA + Glyoxylate;; (2) (2R,3S)-2-Methylmalyl-CoA = Propanoyl-CoA + Glyoxylate，系统名称为(S)-Malyl-CoA Glyoxylate-Lyase (Acetyl-CoA-Forming)，来自红杆菌属（Rhodobacter）物种的酶催化乙酸同化的乙基丙二酰-CoA途径中的一步 [3,5]。来自嗜盐细菌的酶参与甲基天冬氨酸循环，并沿苹果酰-CoA形成的方向催化反应 [6]。来自橙色绿屈挠菌（Chloroflexus aurantiacus）的酶参与碳同化的3-羟基丙酸循环，也具有EC 4.1.3.25 (3S)-柠苹酰-CoA裂解酶的活性 [2,4]。
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