本酶催化的反应为Eliminative Cleavage Of (1->4)-alpha-D-Galacturonan Methyl Ester To Give Oligosaccharides With 4-Deoxy-6-O-Methyl-alpha-D-Galact-4-Enuronosyl Groups At Their Non-Reducing Ends，系统名称为(1->4)-6-O-Methyl-alpha-D-Galacturonan Lyase，更偏好果胶（甲酯）而不是果胶酸（阴离子，是EC 4.2.2.2 果胶酸裂解酶的首选底物）。去甲基化逐渐减慢其作用；然而，如果可切割键另一端的残基被甲基化，它仍然可以在去甲基化残基的任一侧切割。
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