大肠杆菌MSD42表示Multiple-deletion Series 42号菌，它是用合成生物学的方法，将属于E.coli K-12系的野生型MG1655菌株的非必需基因（如IS、原噬菌体、假基因）、重组相关基因、转座相关基因、潜在毒力基因等进行精准缩减，同时保留细菌生长和蛋白表达基因而得。它具有下列特点：
1. 其基因组比野生型的大肠杆菌小14.3%，少663,316个碱基，但仍然能够在最低培养基上生长。
2. 其电转效率比正常大小的E.coli更高，极端条件下基因组更稳定，蛋白表达更精准，质粒更稳定。
3. 其关键基因型是F-, l-, recA1819, lacZM15, ∆flg, ∆fhuACDB，另外缺失699个基因（包括所有IS因子和原噬菌体）。缺失fhuACDB导致抗T1噬菌体感染，携带lacZM15可以进行蓝白斑筛选。详细基因型见下。
4. 本菌种没有任何抗菌素抗性。
